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El hermano de Alma y su esposa huyeron a los Estados Unidos; Alma y su padre se refugiaron en Londres. Sin embargo, Alma decidió volver al continente y viajó a Holanda para continuar su carrera musical hasta principios de 1940. Se había divorciado de Příhoda y casado con el ingeniero holandés August van Leeuwen Boomkamp y se convirtió al cristianismo .Su destino final llegó en Francia cuando fue arrestada por la Gestapo cuando trataba de escapar a Suiza, y enviada al campo de concentración de Drancy hasta julio de 1943, cuando fuera trasladada a Auschwitz-Birkenau. Protegida de la guardia de la SS María Mandel, pasó a dirigir con la categoría de Kapo la orquesta de mujeres de este campo sustituyendo a la profesora de música polaca Zofía Czajkowska, quien fue designada como responsable de barraca y ayudó a Alma a comunicarse con las mujeres polacas de la orquesta, ya que Rosé no hablaba su idioma.Czajkowska fue recordada por varias integrantes de la orquesta como una líder comprometida que hizo todo lo posible por crear una comunidad musical en condiciones prácticamente imposibles. La orquesta incluía dos músicas profesionales, la chelista Anita Lasker-Wallfisch y la vocalista y pianista Fania Fénelon, que lograron sobrevivir y luego de la contienda escribieron sus memorias.